این مدرسه در سال 1392 فعالیت خود را با 15 طلبه آغاز کرد؛ و هم اکنون پذیرای حدود 50 طلبه می باشد. فضای فیزیکی این مدرسه همجوار مدرسه شعبه 1 و در دو باب منزل خریداری شده به صورت مجزا از بخش دیپلم با مساحت تقريبي 800 متر مربع شامل 6 مدرس، 1 سالن اجتماعات و 3 اتاق اداری می باشد.

برنامه آموزشی مدرسه علمیه حضرت مهدی (عج) ویژه طلاب دانش‌آموخته مراکز آموزش عالی برنامه ای تحولی است که در تابستان 92 پیش از شروع به کار شعبه 3 با کار و تلاش دست اندرکاران مدرسه و با بهره گیری از تجربه 10 ساله مدرسه و مشورتهای فراوان از فضلای حوزه علمیه خراسان، قم و تهران و با استفاده از تجربیات موفق دیگر مدارس پیشرو تهیه و تدوین شد و به عنوان برنامه پیشنهادی برای این طلاب به مرکز مدیریت حوزه علمیه خراسان پیشنهاد شد و مبنای کار کارگروه تحول در برنامه آموزشی مرکز مدیریت حوزه علمیه قرار گرفت و هم اکنون در حال بررسی می باشد.

در این برنامه پیشرو کلیه دروس مقدمات، سطح 1، 2 و 3 تحت عنوان برنامه مقطع عمومی حوزه در شکلی منسجم و هدفمند حداکثر در 7 سال ارائه خواهد شد و افزون بر برنامه مرسوم حوزه تلاش شده است کلیه نیازهای علمی و اخلاقی، تربیتی طلاب در برنامه‌ای جامع ملاحظه شود.