به فضل الهی، در طی این سال‌ها فعالیت مدارس علمیه حضرت مهدی(عج) موردتوجه بسیاری از علما قرارگرفته است و میزبان حضور آیات عظام سبحانی، شبیری زنجانی، مدرسی، اعرافی، حائری شیرازی، خاتمی، شب‌زنده‌دار، ربانی‌گلپایگانی، ممدوحی، مروارید، خلخالی، اشرفی شاهرودی، رضازاده، رئیسی و علم الهدی و بسیاری از شخصیت‌های علمی، معنوی و انقلابی بوده است. همچنین مسئولین مراکز علمی و مدارس علمیه زیادی از داخل و خارج کشور از این مدرسه بازدید نموده و گزارشی از برنامه‌های ویژه علمی، تربیتی آن دریافت نموده‌اند. رهبر معظم انقلابمد‌ظلّه‌العالی نیز با اشراف بر برنامه‌های مدارس علمیه حضرت مهدی(ع)، بارها از آن ابراز رضایت نموده‌اند.

تجلیل آیت‌الله اعرافی زید عزه از مدارس حضرت مهدیعلیه‌السلام و نقل قول از مقام معظم رهبریمد‌ظلّه‌العالی

آیت‌الله اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه کشور در تابستان 1394 ضمن سخنرانی در جمع طلاب معتکف مدارس علمیه حضرت مهدی(عج) فرمودند: «بنده هم به سهم خودم تقدیر و تشکر می‌کنم از دوستان عزیزی که این مجتمع و مجموعه آموزشی را طراحی کردند. آوازه این کار در قم و تهران و مناطق مختلف کشور انتشار پیدا کرده است؛ تا جایی که این برنامه و کاری که در این مدرسه در حال اجراست من شخصاً یکی دو بار از خود مقام معظم رهبریمد‌ظلّه‌العالی تعریف این کار و توجه به این کار را شنیدهام.»

تجلیل آیت‌الله رئیسیحفظه‌الله از مدارس حضرت مهدیعلیه‌السلام و نقل‌قول از مقام معظم رهبریمد‌ظلّه‌العالی

آیت‌الله رئیسی عضو شورای عالی حوزه علمیه خراسان و تولیت آستان قدس رضوی در خردادماه سال 1395 طی بازدید از مدارس علمیه حضرت مهدی(عج) خطاب به حجت‌الاسلام‌و‌المسلمین ‌نظافت ‌یزدی فرمودند:

«آوازه مجموعه شما را چندساله می‌شنویم؛ سمت‌وسوی مدرسه شما با این برنامه‌ها و نگاه نویی هست در رابطه باتربیت نیرو و کادر سازی برای هم حوزه، هم برای نظام ... این طرح تحولی که شما بیان کردید، از آرزوهای چندین ساله حضرت آقاست که بارها تو صحبت‌هایشان فرموده‌اند: تحول در حوزه...

من همان روزهای آغاز مسئولیتم در آستان قدس رضوی در یک روز ظهر که خدمت حضرت آقا بودیم و ایشان مشرف بودند مشهد و چهار پنج نفر از اعضای شورای عالی حوزه که جدیداً نصب شدند هم در آن جلسه بودند، به یک جهتی بحث وارد بحث حوزه شد. ایشان به نحوی انتظاراتشان را از مدیریت جدید و مسئولین شورای عالی حوزه بیان کردند... فرمودند که بسیار ظرفیت وجود دارد در مشهد و باید تلاش کنید که این ظرفیت‌ها شناسایی کنید و دنبال بشود که حوزه انقلابی را در مشهد عینیت ببخشید. دراین‌بین به‌صورت مصداقی از حوزه علمیه شما یادکردند.

حتماً این مسئله نباید در یکجا متوقف شود. اگر شما در همان تعداد نیرو و طلبه که داشتید، متوقف می‌شدید و چه توسعه کمی و چه توسعه کیفی نمی‌دادید، این ایستایی موجب می‌شد که این قضیه در خود اینجا بماند؛ ولی اگر دنبال این باشیم که یک حرکت پویایی باشد، یعنی بشود این مدل از کار و این تفکر که جواب داده و موفقیتش معلوم شده، سرایت کند به دیگر بخش‌های تربیتی در حوزه [حتماً این مسئله نباید در اینجا متوقف شود.]»

نقل‌قول آیت‌الله خاتمیزید عزه از ذکر خیر رهبر معظم انقلابمد‌ظلّه‌العالی از مدارس حضرت مهدیعلیه‌السلام

حجت‌الاسلام‌والمسلمین نظافت در سال ۱۳۸۶ در ديدار جمعى از اساتيد، مدیران و فضلای حوزه‌‌هاى علميه كشور با مقام معظم رهبری در حضور معظم له بیانات قابل‌توجهی پیرامون آموزش در حوزه‌های علمیه و اهمیت طلاب جوان ایراد کردند که مورد استقبال معظم له قرار گرفت. یک سال پس‌ازاین دیدار آیت‌الله سید احمد خاتمی در همایش تحول حوزه در آذرماه سال 87 در مشهد مقدس فرمودند: «کاری که سال گذشته مقام معظم رهبری انجام دادند کار برجسته‌ای در این راستا [تحول در حوزه] بود. نمایندگانی که شما فرستادید در این دیدار، گل کردند. فرمایشات بسیار خوبی گفتند. بخصوص آقای نظافت فرمایشاتی را که گفته بودند، آقا بعدها در جلسات خصوصی هم به عظمت یاد می‌کردند از این فرمایشات. خوب این‌ها استعدادهای حوزه‌اند. این استعدادها کشف بشود. [این‌ها] طرح دارند، برنامه دارند. طرح‌ها و برنامه‌های مفید، قابل‌اجرا دارند.»

همچنین سال‌ها بعدازآن در تاریخ 12 فروردین 1394، آیت‌الله خاتمی در جمع طلاب مدارس علمیه حضرت مهدی (عج) فرمودند: «یک نشست هماهنگ بود که نخبگان تأثیرگذار صحبت می‌کردند و یکی از عزیزانی که صحبت می‌کردند جناب حجت‌الاسلام‌والمسلمین آقای نظافت بود که خیلی آقا صفا کرد، نمی‌دانم ایشان می‌داند یا نمی‌داند، بعدازآن دیدار فرموده بودند به بعضی از دوستان دفتر، که من دوست داشتم امکاناتی داشتم که چند تا مدرسه بزرگ در مشهد با مدیریت آقای نظافت در اختیارشان قرار می‌دادم که اداره کنند. ما قبل از این فرمایش آقا، مدرسه ایشان را به توفیق می‌شناختیم و الآن هم به فضل خدا این مدرسه را از مدارس موفق می‌دانیم.»

تجلیل آیت‌الله‌العظمی شبیری زنجانیحفظه‌الله از مدارس حضرت مهدیعلیه‌السلام

آیت‌الله‌العظمی شبیری زنجانی در شهریورماه سال 1392 در ضمن بازدید و سخنرانی در مدارس علمیه حضرت مهدی(عج) از خروجی‌های این مدرسه ابراز رضایت کردند و فرمودند: «الحمدلله آن چیزی که خیلی اسباب خوشحالی است این است که این مدرسه هم سابقه خوبی دارد و هم اشتهار خارجی خوبی. پسر من می‌گفت: بهترین طلبه‌هایی که امسال پذیرفته‌ایم از طلبه‌های این مدرسه هستند؛ هم ازنظر علمی و هم از جهت تقیدات دینی و اخلاقی و این نعمت بزرگی است و باید تبریک گفت به آقایانی که زحمت کشیدند در این راه.»